Instytut Statystyki Kościoła Katolickiego SAC został założony w 1972 r. przez Stowarzyszenie Apostolstwa Katolickiego (Księża Pallotyni) jako Zakład Socjologii Religii. Twórcą i pierwszym dyrektorem instytutu był ks. prof. Witold Zdaniewicz. To w znacznej mierze dzięki jego pracy naukowej i systematycznemu zaangażowaniu mógł powstać i rozwijać się instytut jako niezależna jednostka naukowo-badawcza. Od samego początku dzięki najnowocześniejszym narzędziom instytut prowadził badania socjograficzne oraz współpracował z twórcami socjologii religii w Polsce, przede wszystkim ks. prof. Władysławem Piwowarskim, jak również ks. prof. Januszem Mariańskim. W 1976 r. instytut organizuje pierwszy w Polsce zjazd socjologów religii. W 1988 instytut przeprowadza pierwsze badanie młodzieży, ponawiane następnie w latach 1998, 2005 i 2017. Począwszy od 1991 instytut prowadzi ogólnopolskie badania religijności, powtarzane co kilka lat.

W 1993 r. Zakład Socjologii Religii przekształca się w Instytut Statystyki Kościoła Katolickiego SAC. W tym samym roku w Sekretariacie Episkopatu Polski podpisane zostaje porozumienie z Głównym Urzędem Statystycznym w sprawie statystyki. Instytut podejmuje się badań Kościoła katolickiego na potrzeby statystyki publicznej.

W 1994 r. Sekretariat Episkopatu Polski zleca instytutowi prowadzenie badań statystycznych i socjologicznych na potrzeby Kościoła zarówno w wymiarze krajowym jak i lokalnym (diecezjalnym). W tym czasie szczególną rolę w rozwoju instytutu odgrywa dr Lucjan Adamczuk. Instytut przez lata tworzyli specjaliści z dziedziny statystyki i socjologii.

W 1996 r. powstaje w instytucie Ośrodek Sondaży Społecznych „Opinia”, który do roku 2015 przeprowadza badania postaw społeczno-religijnych w ponad 20 diecezjach, tworząc własną sieć ankieterską. W skład zespołu wchodzą, oprócz wspomnianych już osób, tak zasłużeni naukowcy jak prof. Elżbieta Firlit, prof. Andrzej Ochocki oraz dr Tadeusz Zembrzuski.

Instytut wydaje spisy parafii, spisy duchowieństwa oraz mapy. Organizuje konferencje naukowe poświęcone religijności. Wydaje prawie 100 naukowych publikacji. Uczestniczy w międzynarodowym projektach badawczych. W 2002 r. instytut zakłada Wyższą Szkołę Nauk Społecznych im. ks. Józefa Majki w Warszawie. Od roku 2007 instytut współpracuje z Głównym Urzędem Statystycznych w opracowywaniu metodologii badania trzeciego sektora w Polsce. Zespołem badawczym kieruje prof. Włodzimierz Okrasa. W tym też roku instytut obchodzi 40-lecie swojego istnienia. Włącza się w prace metodologiczne przygotowujące Narodowy Spis Powszechny w 2011 roku, w którym po raz pierwszy od 1938 roku uwzględniono pytanie o wyznanie. W roku 2012 w instytucie powstaje Zespół Innowacji Pastoralnych wykorzystujący badania społeczne w dziedzinie teologii pastoralnej i współpracujący z Wydziałem Teologicznym Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie. W roku 2014 zostaje zaktualizowane porozumienie z Głównym Urzędem Statystycznym w sprawie statystyki Kościoła katolickiego. W roku 2016 instytut prowadzi badania Światowych Dni Młodzieży oraz włącza się w obchody 1050 rocznicy chrześcijaństwa w Polsce. Od 2015 r. instytut organizuje seminarium metodologiczne poświęcone edukacji religijnej. Jednym z gości seminarium była prof. Margaret Archer.

Instytut współpracuje z zagranicznymi ośrodkami badawczymi z Europy, Stanów Zjednoczonych i Australii.

W ciągu niemal czterdziestu lat istnienia instytutu udało się skupić wokół niego wielu wybitnych socjologów i badaczy. Całość dorobku naukowego układa się w pewną całość, którą można określić jako lubelsko-warszawską szkołę socjologii religii. Zasięgiem swych badań stanowi ona jeden z większych ośrodków badań religii w Europie. Więcej na ten temat: Lubelsko-warszawska szkoła socjologii religii.

W 2018 r. instytutowi zostało nadane imię jego założyciela ks. Witolda Zdaniewicza. W 2019 ISKK wszedł w skład Ośrodka Zaawansowanych Badań Społecznych. W 2020 nawiązał współpracę z Centrum Badań Apostolskich przy Uniwersytecie Georgetown w Waszyngtonie.